1782年，朝鲜正祖为了反对老论的势力，查办各地贪污，期间任命崔侧根为探正，他即是朝鲜史上出色的一位侦探。一位户房因为揭发贪污行为被杀，崔侧根巧妙的揪出了患有色盲症的真凶，然而凶手马上又被不明杀手用清国进口的铁针杀死，案件陷入了僵局.崔侧根收用狗盗高手韩西弼为助手后，接下了调查烈女案的任务。老论首领任判书的侄女金贤英为贞洁自杀，她生前开辟高山乌头农场，宣扬平等理念，深得奴隶爱戴，金贤英死后，农场被交给美艳的韩商行打理，而韩商行也与清国铁针有着千丝万缕的联系。仇恨天主教势力的任判书和韩商行之间亦颇有渊源，贪

在日本，有一个称之为文乐的戏种。而傀儡戏就是其中之一。而橘　左近就是称之为国宝级文乐艺人橘 左衛門（是这个名字吧）的孙子。可以说，橘家世代就一直演傀儡戏。但左近似乎不想继承家业，想当个侦探？而另一个傀儡戏家族——周防家的衰败，似乎也与橘家有着千丝万缕的关系.......

北宋年间，长乐县发生离奇命案，寇准经过调查后，很快锁定凶手。正准备结案时，突然发现案子背后竟另有疑团。寇准继续展开调查，更与凶手进行了一场精彩绝伦的斗智斗勇，最终成功解开案子背后隐藏迷团，顺利将凶手绳之以法。

本作的舞台是活跃着怪盗与侦探的近未来架空世界里的“侦探之都横浜”。世界上有着被称为“TOYS”的特殊能力，侦探与怪盗之间使用“TOYS”能力相互战斗着，这个时期被称为“大侦探时代”。作品讲述的是在二十一世纪这个“大侦探时代”中，以侦都横浜为舞台，4名立志成为名侦探的少女与曾经是侦探的青年的故事。

高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他

酒会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。某天，新一和自己青梅竹马的同班同学毛利兰相约到游乐场游玩时，意外的在云霄飞车上遇到了杀人事件，在新一的推理下，很快协助警方破了这个案子。不过，这时有两个黑衣人的身影进入了新一的视线……