公元2000年8月，葛城考察队到达南极，发现了地下空洞中的巨大人形生命体Adam以及隆基努斯之枪。葛城计划进行人类基因与Adam融合的接触实验，但不幸因此唤醒了沉睡中的Adam，葛成调查队拼死使用隆基努斯之枪再度封印Adam，但结果失败，最终，葛成调查队人为使Adam的S^2机关暴走（因为葛成调查队全灭，所以详细不明），总算避免了完全的败局——也就是A.T力场（A.T.Field）的消失（全部生命重新开始），以及由亚当诞生的生命架构的重新构筑。因为此事，亚当成为了零碎的肉片。

故事发生在《奥特曼传奇》之后，打败海帕杰顿、体内还蕴含着高斯和戴拿力量的赛罗来到怪兽墓场。侵略者百特星人召集宇宙地狱四大兽士：EX雷德王、贝蒙斯坦、伽汝布斯、眼Q跟赛罗进行战斗。利用新力量的赛罗轻易打败四大地狱兽士，但是吸收了四大地狱兽士力量的百特星人利用皮古蒙的死威胁赛罗，最后赛罗利用新的力量分身变成强力日冕赛罗和月神奇迹赛罗打败百特星人并成功救出皮古蒙，并与究极武装赛罗一起离开怪兽墓场。

地球因百特星人的突然出现而陷入了濒临灭亡的危机中，人类全都莫名其妙地突然失踪了。地球成为了百特星人的怪兽兵器实验场。但是，仍有极少数的人幸存下来了，那就是对未来充满希望的孩子们。为了孩子们的未来，为了把握明天，7位女性组成了U小队与百特星人对抗。首先来到她们守护的地球的是戴拿奥特曼（飞鸟信），然后是高斯奥特曼（春野武藏）和赛罗奥特曼。大贺希与百特星人捕获的宇宙生命体一起误入这个地球，赛罗奥特曼对他充满勇气的行动产生了共鸣，与他一心同体，但是大贺并不能坦率地接受得到奥特战士力量的事实。百特星人真正的目的是要

《赛罗奥特曼格斗》是圆谷公司制作的一部后续作品，主要是讲述《赛迦奥特曼》电影结束后的故事，其目的就是为了给赛罗奥特曼一个新型创造的空间。在《赛罗奥特曼格斗》中，赛罗奥特曼除了基本形态和究极形态，又另外多了四种形态来吸引诸多青少年的眼球。故事发生在《赛迦奥特曼》之后，体内还蕴含着高斯和戴拿力量的赛罗来到怪兽墓场。侵略者百特星人召集地狱四兽士跟赛罗进行战斗。利用新力量的赛罗轻易打败地狱四兽士，但是吸收了四地狱兽士力量的百特星人利用比格蒙的死威胁赛罗。