朱允炆的童年到登皇继位一个热爱生命、温和良善的十六岁少年，沉醉于自己的世界，祖父的残暴、父亲的早逝、外在环境的险恶并无伤他的善性。皇孙继皇位建文继位后，顿成权力斗争的焦点，虽然他几度想放弃王位，却无法违背天意，而方孝儒的出现恰使他认清皇帝能造福于民，于是决定实行新政。杀机四伏燕王朱棣图谋篡位，烽火四起，生灵涂炭，仁慈的皇帝重情重亲，以致错失铲奸良机。血染宫帏，逊位逃亡燕王攻破京城，建文为解除官兵及百姓的苦难而自愿逊位，不料皇叔未守诺言，大开杀戒，建文见方孝儒惨死，悲愤交集，本欲自焚，幸被忠臣救出，穿上太祖

该剧讲述了燕王朱棣称兵靖难，攻入南京，建文帝仓皇出走，其手下带走一批宫中珍宝，以图复位的故事。

天达电子有限公司软件设计师苗建文神秘失踪，此前他刚刚开发一个商业价值极高的软件，这令公司总经理冯韧万分焦急。某日深夜，苗建文的妹妹苗绚独自开车回家，却遭遇一辆不明来路黑色轿车的围追堵截，苗绚回家后又发现有不速之客闯入的痕迹……这一系列神秘的事件引起了连城公安局刑侦中队长苏澎的注意。

靖难之役之后，燕王朱棣篡权夺位成功，建文帝生死未卜，而建文帝之子朱文奎被旧部杨武救出，并几经辗转朱文奎被文昌寺收留。十年之后，朱文奎在文昌早寺已长成英俊少年，并练成了一身硬功夫，从小聪慧的他更熟读经卷，通晓佛法，深得曾任少林寺住持的大师器重。杨重一直在计划为建文夺回帝位，假意归顺燕王，暗中招兵买马，召集建文帝旧部起事。然后打算把朱文奎从文昌寺带回京城，却被燕王获悉，并下令东石剿杀他们。一路上杨武等人受到一批又一批的东石高手追杀，最后不得不把小皇子送上大佛填充暂避追杀。东厂倾巢而出把大佛寺重重包围，杨武和大

皇帝为求长生，亲率舰队下南洋寻找佛岛却突然驾崩，太子建文被诬陷为弑君者，开始了在茫茫海上的逃亡生涯；而此时朝堂之上各方势力蠢蠢欲动，朝堂之外不明邪魅渗透搅局，且看太子建文如何能够在重重阴谋之下揭开事情的真相；逃亡途中，与东瀛忍者少女、蒙古水师后人、西洋博物学家组成的四人小队的他们，又将如何书写一段探寻佛岛之秘的海上冒险传奇.

”靖难之役“之后，燕王朱棣篡权夺位成功，建文帝生死未卜，而建文帝之子朱文奎被旧部杨武救出，并几经辗转朱文奎被文昌寺收留。 　　十年之后，朱文奎在文昌早寺已长成英俊少年，并练成了一身硬功夫，从小聪慧的他更熟读经卷，通晓佛法，深得曾任少林寺住持的大师器重。